Hướng dẫn doanh nghiệp chuẩn bị kiểm tra quyết toán thuế

1. Kiểm tra quyết toán thuế là gì?

Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động thanh tra, kiểm tra của Cơ quan thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc hoạt động kiểm tra của Cơ quan thuế tại trụ sở Cơ quan thuế. Mục tiêu của việc kiểm tra này là đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ các quy định về thuế, không có sai phạm trong việc kê khai và nộp thuế.

2. Khi nào cơ quan thuế sẽ xuống doanh nghiệp kiểm tra quyết toán thuế

Theo quy định Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14/07/2023, cơ quan thuế sẽ kiểm tra đối với các trường hợp sau:

2.1. Theo nguyên tắc rủi ro

(THÔNG TƯ 31/2021/TT-BTC, Điều 4)

• Áp dụng quản lý rủi ro đảm bảo hiệu lực, hiệu quả của quản lý thuế; khuyến khích, tạo điều kiện thuận lợi để người nộp thuế tự nguyện tuân thủ tốt các quy định của pháp luật về thuế và quản lý thuế đồng thời phòng chống, phát hiện, xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật về thuế và quản lý thuế.
• Thông tin quản lý rủi ro được thu thập từ các nguồn thông tin bên trong và bên ngoài cơ quan thuế (bao gồm cả thông tin từ nước ngoài) theo quy định của pháp luật; được quản lý tập trung tại Tổng cục Thuế thông qua hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin và được xử lý, chia sẻ, cung cấp cho cơ quan thuế các cấp, các cơ quan quản lý nhà nước khác để phục vụ cho mục đích quản lý thuế theo quy định của pháp luật.
• Việc đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế và mức độ rủi ro người nộp thuế được thực hiện tự động, định kỳ, theo một hoặc kết hợp các phương pháp quy định tại Thông tư này trên cơ sở các quy định của pháp luật, các quy trình, biện pháp nghiệp vụ quản lý thuế, dựa trên phân đoạn người nộp thuế, các tiêu chí quy định tại Thông tư này và cơ sở dữ liệu về người nộp thuế.
• Căn cứ vào kết quả đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế, phân loại mức độ rủi ro người nộp thuế, thông tin có trên các ứng dụng hỗ trợ quản lý thuế của cơ quan thuế, thông tin dấu hiệu vi phạm, dấu hiệu rủi ro khác được cung cấp tại thời điểm ra quyết định, cơ quan thuế thực hiện:
• Quyết định kiểm tra, thanh tra, giám sát, áp dụng các biện pháp nghiệp vụ phù hợp.
• Xây dựng kế hoạch nâng cao tuân thủ tổng thể phù hợp với nguồn lực của cơ quan thuế dựa trên kết quả phân tích bản chất hành vi, nguyên nhân và quy mô của mỗi mức độ tuân thủ pháp luật thuế, mức độ rủi ro.

2.2 Đánh giá tuân thủ người nộp thuế

• Người nộp thuế được đánh giá, phân loại theo một trong các mức độ tuân thủ pháp luật thuế như sau:

• Mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế được phân loại dựa trên các tiêu chí quy định tại Phụ lục I Thông tư này.
• Kết quả đánh giá tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế được cơ quan thuế theo dõi, xử lý như sau:

2.3 Phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế

(THÔNG TƯ 31/2021/TT-BTC, Điều 11)
a. Phân loại mức độ rủi ro tổng thể

• Người nộp thuế là doanh nghiệp được phân loại mức độ rủi ro theo một trong những hạng sau:

• Mức độ rủi ro người nộp thuế được phân loại dựa trên kết quả đánh giá tuân thủ pháp luật thuế tại Điều 10 và các tiêu chí quy định tại Phụ lục II Thông tư này.

b. Phân loại mức độ rủi ro trong các nghiệp vụ quản lý thuế

• Mức độ rủi ro người nộp thuế là doanh nghiệp trong các nghiệp vụ quản lý thuế được phân loại theo một trong các mức sau:

• Mức độ rủi ro người nộp thuế trong các nghiệp vụ quản lý thuế được phân loại dựa trên kết quả xếp hạng mức độ rủi ro người nộp thuế tại khoản 1 Điều này và các tiêu chí quy định tại Phụ lục II Thông tư này.
• Xử lý kết quả phân loại mức độ rủi ro: Kết quả phân loại mức độ rủi ro người nộp thuế được áp dụng các biện pháp quản lý thuế trong từng nghiệp vụ quản lý thuế quy định tại Chương IV Thông tư này.

2.4 Kiểm soát trọng điểm với NNT có dấu hiệu vi phạm

(THÔNG TƯ 31/2021/TT-BTC, Điều 22)
Điều 22. Kiểm soát, giám sát trọng điểm đối với người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế
Người nộp thuế thuộc trường hợp giám sát trọng điểm về thuế là người nộp thuế có một trong các dấu hiệu sau:

• Người nộp thuế thực hiện các giao dịch qua ngân hàng có dấu hiệu đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền có liên quan đến trốn thuế, gian lận thuế.
• Người nộp thuế hoặc người đại diện hợp pháp của người nộp thuế bị khởi tố về các hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ.
• Người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao về thuế thuộc chuyên đề trọng điểm hoặc qua thu thập thông tin từ công tác quản lý của cơ quan thuế cần giám sát quản lý thuế.
• Người nộp thuế được lựa chọn từ danh sách người nộp thuế thuộc mức không tuân thủ pháp luật thuế quy định tại Điều 10, danh sách người nộp thuế thuộc mức rủi ro rất cao, rủi ro cao theo quy định tại khoản 1 Điều 11 Thông tư này và người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin hoặc có giải trình, bổ sung thông tin nhưng không đầy đủ theo yêu cầu và thời hạn tại thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế.

3. Quy trình kiểm tra quyết toán thuế (QĐ 970/QĐ-TCT NGÀY 14/07/2023)

4. Các hình thức kiểm tra quyết toán thuế

4.1 Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

Kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan thuế được thực hiệ trên cơ sở hồ sơ thuế của người nộp thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế. Công chức thuế được giao nhiệm kiểm tra thuế căn cứ vào mức độ rủi ro về thuế của hồ sơ thuế được phân loại từ cơ sở dữ liệu công nghệ thông tin hoặc theo phân công của thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện phân tích hồ sơ thuế theo mức độ rủi ro về thuế để đề xuất kế hoạch kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế hoặc xử lý theo quy định tại khoản 2 Điều này; (Điều 6, QĐ 98/QĐ-TCT)

4.2 Kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế

Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện trong các trường hợp sau đây:

5. Quy trình kiểm tra quyết toán thuế

• Kiểm tra các tờ khai thuế: Rà soát toàn bộ tờ khai thuế đã nộp, bao gồm tờ khai thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN và các loại thuế khác (nếu có).
• Xác minh các chứng từ nộp thuế: Kiểm tra và đảm bảo tính chính xác của chứng từ, hóa đơn, báo cáo thuế, biên bản kiểm tra thuế và các tài liệu liên quan đến quá trình nộp thuế.
• Kiểm tra sổ sách và chứng từ kế toán: Đối chiếu sổ sách kế toán với các tờ khai thuế đã nộp để đảm bảo tính nhất quán và chính xác.
• Kiểm tra niên độ kế toán: Xem xét quy trình kế toán trong thời gian kiểm tra, bao gồm việc ghi nhận các sự kiện kế toán và số liệu tài chính.
• Giải trình về các sai phạm: Doanh nghiệp cần cung cấp và giải thích chi tiết về bất kỳ sai phạm nào, bao gồm nguyên nhân và biện pháp khắc phục.

6. Những hồ sơ quyết toán thuế mà doanh nghiệp cần chuẩn bị

Các sắc thuế chính trong việc kiểm tra:

• Thuế GTGT (VAT)
• Thuế TNDN
• Thuế TNCN
• Thuế nhà thầu
• Thuế khác: Thuế XNK, Thuế tiêu thụ đặc biệt, Thuế bảo vệ môi trường, Thuế tài nguyên

Sắp xếp chứng từ gốc:

• Chứng từ cần được phân loại theo tháng hoặc quý, kèm theo tờ khai thuế GTGT đã nộp.
• Hóa đơn bán hàng cần đi kèm phiếu thu (nếu thanh toán bằng tiền mặt), phiếu xuất kho, hợp đồng và biên bản thanh lý (nếu có).
• Hóa đơn mua vào phải có phiếu chi (nếu thanh toán tiền mặt), phiếu nhập kho, hợp đồng và biên bản bàn giao (nếu có).
• Chứng từ phải được ký tên, đóng dấu đầy đủ. Nên lập hồ sơ riêng cho mỗi tháng hoặc quý.

Sắp xếp báo cáo đã nộp:

• Chứng từ cần đi kèm với báo cáo thuế tương ứng của năm.
• Các báo cáo theo kỳ bao gồm tờ khai thuế GTGT, khấu trừ thuế TNCN và báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế.
• Báo cáo cuối năm bao gồm báo cáo tài chính, quyết toán thuế TNCN, thuế TNDN, và báo cáo hoàn thuế (nếu có).
• Chuẩn bị sổ sách kế toán hàng năm:
• Bao gồm sổ nhật ký chung, sổ tổng hợp công nợ, sổ quỹ tiền mặt, sổ cái và chi tiết từng tài khoản.
• Sổ theo dõi tình hình tăng, giảm tài sản cố định, bảng tính khấu hao và phân bổ công cụ dụng cụ.
• Tất cả các sổ sách phải được in, ký tên, đóng dấu đầy đủ và sắp xếp theo trình tự hợp lý.

Sắp xếp hợp đồng kinh tế:

• Các hợp đồng mua vào, bán ra cần được sắp xếp theo thứ tự thời gian, kèm biên bản nghiệm thu và hồ sơ thanh lý (nếu có).
• Cần kiểm tra hợp đồng lao động, thang bảng lương, quyết định bổ nhiệm và điều chuyển công tác.
• Hồ sơ pháp lý:
• Chuẩn bị đầy đủ các giấy tờ pháp lý của doanh nghiệp như giấy phép đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đầu tư, bản sao công chứng, và các công văn liên quan đến cơ quan thuế.
• Kiểm tra các chi tiết khác:
• Đối chiếu sổ chi tiết với sổ tổng hợp, đảm bảo tính chính xác của hóa đơn so với sổ sách kế toán.
• Kiểm tra lại công nợ với khách hàng và nhà cung cấp, dữ liệu kê khai thuế, bảng lương và hồ sơ cá nhân của người lao động.

Căn cứ pháp lý: Quyết định Ban hành quy trình kiểm tra thuế